La calidad microbiológica de los alimentos es fundamental porque influye en su conservación y vida de anaquel y, sobre todo, porque los microorganismos presentes en ellos, pueden ser causantes de enfermedades transmitidas por alimentos o ETA.
Las normas en materia de alimentos, generalmente establecen la calidad microbiológica en términos de microorganismos indicadores. Éstos son organismos (o grupos) que advierten oportunamente de un manejo inadecuado o contaminación que incrementan el riesgo de presencia de microorganismos patógenos en alimentos. Además de que su detección en el laboratorio es más sencilla, rápida y/o económica, los microorganismos indicadores permiten un enfoque de prevención de riesgos, dado que advierten manejo inadecuado y/o contaminación.
Los principales microorganismos indicadores en alimentos son:
− Indicadores de condiciones de manejo o de eficiencia de proceso: mesófilos aerobios (o recuento total) recuento de hongos y levaduras, recuento de coliformes totales
− Indicadores de contaminación fecal: coliformes fecales, E. coli, enterococos. Cl. perfringens
La selección de indicadores en un alimento depende fundamentalmente de los riesgos implicados y de lo que se requiera saber para liberar, controlar o mejorar el alimento, manteniendo el enfoque preventivo.